O momento central na vida da SBS é a Assembléia Geral, na qual os associados da instituição se reúnem para, a cada dois anos, eleger uma nova diretoria e acompanhar e deliberar sobre as atividades estratégicas da Sociedade. A gestão executiva da entidade está a cargo de um Conselho Diretor (composto por um Presidente, dois Vice-Presidentes, um Secretário(a) Geral, um Tesoureiro(a), dois Secretário(a)s Adjunto(a)s e cinco Diretore(a)s); e de um Conselho Fiscal (composto por 3 membros), responsável pela aprovação dos relatórios financeiros e das contas da instituição. A gestão da Sociedade conta também com o suporte de um Conselho Científico (composto por pesquisadores sêniores, de notório saber), eventuais comissões e consultores ad hoc e, administrativamente, de uma Secretária Geral (itinerante e que, a cada dois anos, acompanha o domicílio institucional do[a] Secretário[a] Geral eleito[a]) e de uma Secretaria Executiva, com sede na cidade do fórum legal e fiscal da SBS, para apoiar à gestão financeira e cuidar da documentação legal da instituição. Cabe a Assembléia Geral, instância deliberativa máxima da SBS, a eleição da Diretoria e a aprovação de eventuais mudanças estatutárias. À Diretora cabe a execução das deliberações da Assembléia Geral e a mais ampla dedicação no cumprimento dos objetivos estatutários da Instituição.